微生物菌肥是一種活性肥料，主要依靠微生物在土壤中的繁殖，從而改變土壤結構，調整根系菌群，使之形成有利于微生物生長的新環境。微生物肥效的發揮，不僅需要微生物自身的活性，而且與外界氣候條件有著密切的關系。
微生物菌肥本身的條件是指活菌的數量和強度，當數量和強度適當時，微生物菌肥可以起到正常的作用，外部條件包括溫度、土壤濕度、土壤養分、光照強度和土壤酸堿度等，只有在適宜的外部條件下，微生物菌肥才能發揮正常的作用，菌種大量繁殖，新陳代謝產生有利于植物生長的元素，從而提高土壤肥力。
生物肥料具有許多優點，具體表現在以下幾個方面：
1.能釋放出調節植物生長的植物荷爾蒙。
在氣候、土壤條件適宜的情況下，微生物肥料進入土壤后，可產生生理活性物質：植物生長激素吲哚乙酸、赤霉素和多種維生素等，可促進細胞形成層的分裂，促進植物生長，提前開花，改善品質。有些菌株還分泌一些刺激維生素類物質，以促進作物生長。
2.提高作物光合作用和葉片千粒重；
環境條件對微生物肥料菌種的生長、代謝都會產生嚴重影響。試驗結果表明：施用低磷、中低氮肥料均能促進黑豆的生長和籽粒的形成，是理想的菌肥。與對照組比較，施用生物菌肥對黃瓜的株高、葉數、莖粗和產量均有明顯提高，分別提高17.9%、21.1%、10.2%和24.8%。施微生物肥作底肥，可以提高小麥的有效穗數和千粒重，從而提高小麥的產量。
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